先天性脑发育不全的先天病因：
一：先天性异常，包括各种原因引起的病因脑发育异常，如神经管闭合不全致先天性脑积水，先天脑泡演化发育障碍所致的病因全前脑及神经移行障碍所致的平脑回畸形，巨脑回畸形以及小多脑回等，先天包括联合障碍所致的透明隔缺如或发育不全。
二：低体重儿，包括早产未成熟儿，足月小样儿。这些婴儿均不同程度宫内发育迟缓。同时也影响中枢神经系统发育，且常并发室管膜下出血和脑室内出血，后者易引起痉挛性两侧瘫。
三：核黄疸，也是脑发育不良的重要病因，但现在由于围产医学进步，核黄疸引起脑发育不良比例下降。
四：脑缺氧缺血，故凡能造成母体与胎儿间血液循环和气体交换障碍，或导致新生儿动脉低血压，静脉淤血者，均有可能引起脑缺血缺氧，造成大脑损伤而遗留脑发育不良。这此因素包括母亲因素：如患妊娠高血压综合征，心力衰竭，大出血，贫血，休克或吸毒，药物过量等;胎盘异常：如胎盘早剥，前置胎盘，胎盘梗死或胎盘功能不良等;胶带血流阻断;如胶带脱垂，压迫，打结或绕颈等;循环衰竭。
知道了先天脑发育不全的病因是什么之后还需要提醒各位家长，如果是发现自己的孩子有先天脑发育不全的话一定要积极的治疗，最好的方法就是采用综合的治疗手段，家长和医生做好配合工作，平时注意锻炼孩子的思维和自理能力，只有这样长时间坚持下去，先天脑发育不全才会有康复的可能，希望家长可以注意，一定不要放弃。